Penyelidik telah menemui gen misterius dalam kod genetik SARS-CoV-2 coronavirus, segmen yang hampir tersembunyi dari pandangan dalam genom virus dan masih diabaikan.
Gen yang baru dikenali – ORF3d – adalah contoh dari apa yang disebut gen bertindih: sejenis 'gen dalam gen' yang secara efektif menyembunyikan dirinya dalam rantai nukleotida kerana fakta bahawa ia bertindih dengan urutan gen yang dikodkan yang lain.
“Dari segi ukuran genom, SARS-CoV-2 dan kerabatnya adalah antara virus RNA terpanjang yang wujud,” jelas ahli bioinformasi Chase Nelson dari Muzium Sejarah Alam Amerika.
“Oleh itu, mereka lebih rentan terhadap 'penipuan genomik' daripada virus RNA lain.”
Sebenarnya, virus sangat rentan terhadap gen yang tumpang tindih, jadi ini bukanlah penemuan yang mengejutkan. Masih dapat dilihat apakah ORF3d memang tipuan genom, tetapi tetap sukar untuk dilihat.
Gen yang bertindih sukar dikenal pasti dalam urutan genetik kerana sistem pengimbasan genom sering dapat melangkau mereka ketika mengimbas garis kod genetik: mereka diprogramkan untuk memilih gen individu, tetapi tidak semestinya melihat petunjuk menyeluruh yang biasa dilakukan pada nukleotida gen jiran dalam urutan tersebut.
Mikrograf elektron zarah virus SARS-CoV-2. (NIAID).
Dalam konteks virus seperti SARS-CoV-2, ini boleh menyebabkan titik buta yang serius. Para saintis telah berusaha untuk memahami sebanyak mungkin mengenai virus yang dahsyat ini sejak awal tahun ini, dan walaupun beberapa aspek struktur genetiknya telah dijelaskan (termasuk kepercayaan yang tegas bahawa ia tidak 'diciptakan di makmal'), ada banyak yang belum kita ketahui. .
“Gen yang bertindih mungkin merupakan salah satu senjata cara coronavirus berevolusi untuk meniru dengan cekap, melemahkan imuniti tuan rumah, atau menyebarkannya sendiri.”
Bagi ORF3d, masih banyak yang perlu dipelajari mengenai mengapa ia wujud, menyembunyikan di dalam genom, dan bertindih dengan gen lain.
Satu perkara yang kita pasti tahu mengenai gen misterius, berdasarkan ujian darah sebelumnya dari pesakit COVID-19, adalah bahawa ORF3d mencetuskan tindak balas antibodi yang kuat.
“Kami belum mengetahui fungsi dan kepentingan klinikalnya,” kata Nelson.
“Tetapi kami meramalkan bahawa gen ini tidak mungkin terdeteksi oleh tindak balas sel T, berbanding dengan tindak balas antibodi. Dan mungkin ada kaitan dengan bagaimana gen itu dapat muncul. '
Satu perkara yang pasti. Untuk virus yang mempunyai hanya sekitar 15 gen yang diketahui, penemuan gen lain, apalagi gen yang bertindih, merupakan kemajuan yang signifikan. Betapa pentingnya, para saintis sekarang akan berusaha untuk mengetahui.
Hasilnya dilaporkan kepada eLife.
